CzeekD

CzeekD es un sistema de diseño compuesto de novo utilizando algoritmos de optimización, desarrollado por Kioto Constella Technologies. Diseñado como una herramienta para apoyar los químicos medicinales, que permite el diseño de nuevos compuestos, así como modificaciones de la cadena lateral en estructuras iniciales. Se aprovecha plenamente la nueva tecnología basada en la genómica química Virtual (CGBVS) para detectar y seleccionar las mejores compuestos diana potenciales.

Algunas de sus características:

  • Basado en un fragmento Diseño Compuesto: genera compuestos virtuales mediante la conexión de fragmentos en base a un marco de síntesis.
  • El uso de RECAP (Procedimiento de análisis retrosintético Combinatoria) resulta en la creación de bibliotecas de compuestos virtuales que contienen compuestos que son sintéticamente accesibles.
  • CzeekD también permite el uso de bases de datos disponibles en el mercado de construcción en bloques (bloques de construcción CombiChem, intermedios, etc.) como las bibliotecas de fragmentos.
  • Eficientemente busca espacio químico mediante el uso de algoritmos de optimización: se ha dicho que, en teoría, el número total de compuestos que pueden componer un espacio químico es más de 1060.
  • Optimización enjambre de partículas (PSO), que es la herramienta de optimización empleado en CzeekD, permite la búsqueda eficiente de tal espacio químico grande.
  • Creación de varias bibliotecas utilizando CGBVS como función de aptitud: el uso del método CGBVS hace posible el diseño de compuestos con alta especificidad, así como, compuestos con múltiples dianas proteicas.
  • Facilidad de uso orientada a los químicos medicinales: permite un fácil control de los procesos (de diseño de novo de los resultados de cálculo) a través de una interfaz gráfica de usuario (GUI).
  • El uso de estructuras concebidas originalmente también se permite a través de una característica que permite al usuario dibujar estructuras químicas a través de operaciones simples del ratón.

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